分子模型中不同化学元素原子的颜色能随便设置么?

分子模型中不同化学元素原子的颜色能随便设置么?

在化学中,CPK配色是一种国际通用的原子或分子模型的配色方式,也是最常用、最多人使用的分子模型上色方式,可用于各种分子模型或元素标示,最常用于CPK模型、球棒模型和空间填充模型。该配色方式由CPK模型的设计者Corey、Pauling(莱纳斯·鲍林)与Koltun提出且改进。

历史

1952年,科里和鲍林发表了描述蛋白质和其他生物分子的空间填充模型,他们已经在加州理工学院制做出一个模型[1]。他们用硬木球表示原子并涂上一些代表性的鲜艳颜色,来表示相应的化学元素。他们的上色模式为:

元素与色彩

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他们还建立塑料球小模型使用搭配同色系的架构。

1965年,Koltun将Corey和鲍林建模技术的改进版本申请专利获准[2]。在他的专利中,他提到了以下颜色:

元素与色彩

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现在常用的CPK配色将色彩更变为:

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典型的配色

典型的CPK配色包括:

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有些些CPK颜色是来自于纯元素的颜色或该元素的常见化合物的颜色,以便于记忆。例如,氢是一种无色气体;碳、木炭或石墨皆是黑色;常见的硫是黄色的;氯气是一种绿色气体;溴溶于乙醚是一个暗红色的液体;碘是紫罗兰色的;无定形磷是红色;铁锈是暗橙色红色等。对于一些的颜色,如氧气和氮气,则来源不可考。也许是因为氧气燃烧或含氧血液中血红蛋白呈红色所以将氧定义成红色;氮是地球的大气层的主要组成部分,从而出现到人眼看到的天空为天蓝色因此将氮设定成蓝色。

化学键的颜色

一般化学键的颜色会依据邻近元素上色,若两端元素相同,则将键漆上邻近原子的颜色,若两端原子不同,则依照电子云可能的分布来决定两端元素在键上上色的比例。有些模型则将键统一涂上同一种颜色,常见的颜色为灰色或白色。离子键一般不会描绘,另外氢键也有人使用黄色的虚线表示[3]

其他的CPK配色方式

下表显示了一些流行的软件分配给每个元素的颜色。C列是原始由Corey和鲍林设定的CPK配色[1],K是Koltun的专利[2],J列是由分子可视化的Jmol使用的配色方案[4],R列是Rasmol使用的配色方案,其显示两种颜色,第二种表是2.7.3及以后版本所使用的颜色[4][5]。所有的颜色都很相似的,并且可能依赖于显示硬件和观看条件。

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参考文献

  1. ^ 跳转至:1.0 1.1 Robert B. Corey and Linus Pauling (1953): Molecular Models of Amino Acids, Peptides, and Proteins. Review of Scientific Instruments, Volume 24, Issue 8, pp. 621-627. doi:10.1063/1.1770803
  2. ^ 跳转至:2.0 2.1 Walter L. Koltun (1965), Space filling atomic units and connectors for molecular models. U. S. Patent 3170246.
  3. ^ 软件Avogadro 描绘的氢键
  4. ^ 跳转至:4.0 4.1 Jmol color table at sourceforge.net. Accessed on 2010-01-28.
  5. ^ Rasmol color table Archive.is的存档,存档日期2001-05-13 at bio.cmu.edu. Accessed on 2010-01-28.
  6. Corey, Robert B.、Pauling, Linus、1952年8月25日“Molecular Models of Amino Acids, Peptides, and Proteins”‘Review of Scientific Instruments’24巻8号621~627ページ、doi:10.1063/1.1770803
  7. Koltun, Walter L.、1965年2月23日“Space filling atomic units and connectors for molecular models”美国专利 3,170,246
  8. What is the basis for the CPK color scheme? Which colors is used for which atom?
  9. Physical Molecular Models
  10. Модель Кори-Полинга-Колтуна: стандарт «молекулярного конструктора»

以上内容来自维基百科

https://zh.wikipedia.org/wiki/CPK%E9%85%8D%E8%89%B2


【结尾】

1.这个命名BET类似呀,也是三个人命首字母,也是对贡献者这尊重,呃呃呃,好吧又想起了被有机化学的各种人们反应支配的恐怖!!!

2.处处皆学问,画示意图时最好还是遵守这种配色方式吧,之前画图时只是保持每种元素颜色一致,现在直接取色就好了!

3.我比较关注的碳元素的颜色还好,从最初的黑色变为了灰色,好看了那么一丢丢!

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